Pejabat Pendaftar ditubuhkan selari dengan wujudnya jawatan Pendaftar di Universiti ini di bawah Seksyen 10(1) Akta 30, Akta Universiti dan Kolej Universiti 1971.  Pejabat Pendaftar berfungsi sebagai sebuah jabatan pentadbiran utama yang bertanggungjawab terhadap pengurusan “OPERASI” Universiti dalam memastikan “sistem tadbir urus berkualiti” serta memberi nasihat dalam hal-hal pengurusan dan pentadbiran organisasi.

Bermula dari penubuhan Institut Teknologi Kebangsaan pada tahun 1972 sehinggalah siapnya kampus Skudai pada tahun 1985, peranan Pejabat Pendaftar semakin signifikan kepada pengurusan dan pembangunan Universiti sejajar dengan proses transformasi Universiti. Pejabat Pendaftar sentiasa proaktif dan endah serta berperanan sebagai pemudahcara dalam sistem penyampaian yang efektif dan efisien.

Pada tahun 1993, Universiti telah memperkenalkan sistem modular di mana pengurusan pentadbiran diagih ke Fakulti / Bahagian iaitu Fakulti/Bahagian sebagai one stop centre. Manakala peranan Pejabat Pendaftar (peringkat Pusat) lebih menumpukan kepada hubungan dengan Agensi Pusat dan penggubal, perancang serta pengawal seliaan polisi serta peraturan.  Dalam memastikan aktiviti-aktiviti Pejabat Pendaftar dilaksanakan secara efisien, Pejabat Pendaftar mendapat pengiktirafan MS ISO 9001:2000 pada tahun 2004 dan telah diperbaharui kali ketiga pada tahun 2010.

Selaras dengan proses transformasi Universiti yang selari dengan Program Pelan Strategik Pengajian Tinggi Negara  Kementerian Pengajian Tinggi Malaysia, Pejabat Pendaftar terus memikul tanggungjawab yang besar dalam membantu Universiti untuk mendapatkan status Universiti Penyelidikan pada 2010.  Manakala pada tahun 2011 peranan Pejabat Pendaftar semakin ketara apabila berjaya membantu Universiti untuk mendapatkan taraf Universiti Autonomi ketika menghadapi Audit University Good Governance Index (UGGI) dalam bidang Governan, Modal Insan dan Akademik.